“政府采購代理機構資格認定”是按照政府采購法有關規定開展的一項行政許可事項。為此，2005年12月28日，財政部頒布了《政府采購代理機構資格認定辦法》（財政部令第31號，以下簡稱“31號令”），對政府采購代理機構資格認定的一般程序、審批和確認的資格條件、資格延續與變更、代理機構資格監督管理等作出規定。自2006年3月1日該辦法施行起，從事政府采購代理業務的機構必須按照規定取得政府采購代理機構資格。根據該《辦法》規定，省級以上人民政府財政部門應當向認定資格的政府采購代理機構頒發《政府采購代理機構資格證書》，有效期為三年惱府采購代理機構需要延續依法取得的政府采購代理機構資格有效期的，應當在《政府采購代理機構資格證書》載明的有效期屆滿60日前，向作出資格認定決定的財政部門提出申請。 

摹∷孀耪府采購制度改革的深化，31號令逐漸難以適應政府采購代理市場發展和進一步規范、加強對政府采購代理機構監督管理的需要。為此，2010年，財政部對31號令進行了修訂，并以財政部第61號部長令的形式公布，于2010年12月1日起施行。其中修訂的內容主要包括取消了政府采購代理機構資格認定中的確認資格方式，補充了政府采購代理機構代理業務的限制性條款，規范和完善了申請政府采購代理機構資格的條件，明確了政府采購代理機構資格延續的條件，完善了對政府采購代理機構的監督檢查以及補充了法律責任等6個方面。同時，財政部還發文明確，將定期集中對甲級代理機構進行資格審查認定，代理機構申報材料的遞交時間為每年6月1日、11月1日開始的5個工作日內。2013年，為進一步簡化行政審批程序，創建服務型政府，方便代理機構申報政府采購甲級代理資格，財政部對政府采購代理機構資格集中審查認定的時間進行調整，即由一年兩次形每月一次。

　　政府采購代理機構資格審批制的實行，雖然對規范代理機構市場頗有成效，但也在一定程度上限制了這一市場的發展。因此，為了進一步落實簡政放權要求，激發市場活力，這一制度也走向了終結。2014年7月9日召開的國務院常務會議通過政府采購法等法行拚案草案和行政法規修改決定。8月31日，第十二屆全國人民代表大會常務委員會第十次會議通過修改政府采購法等五部法律的決定。其中明確，自2014年8月31日起，取消財政部及省級人民政府財政部門負責實施的政府采購代理機構資格認定行政許可事項。此后，財政部立即印發通知停姓府采購代理機構資格認定工作，并明確了具體工作措施。一是對政府采購代理機構不再發放資格證書、不再設定資格條件、不再進行事前審核。二是建立登記制度，按照“自愿、免費、一地登記、全國通用”的原則，對代理機構進行網上登記。三是將完成登記的代理機構自動納入中國政脅曬和“政府采購代理機構名單”，并向社會公開代理機構相關信息。

　　自此，實行了8年多的政府采購代理機構資格認定制度正式取消，政府采購代理機構管理進入“登記制時代”。

　　2015年2月，時任財政部部長樓繼偉簽署中華人民共和國財政部令第77號《財政部關于廢止部分規章和規范性文件的決定》，正式廢止《政府采購代理機構資格認定辦法》（財政部令第61號）等七件涉及審批事項的規章和規范性文件，自2015年2月11日起實施。61號令自此正式退出“歷史舞臺”。

　　實行登記制后，財政部按照“寬進嚴管”7思路，加強對社會代理機構執業情況的監督檢查，每年都組織全國省市縣三級財政部門開展全國聯動的代理機構監督檢查，并對違法線索進行延伸檢查。2015至2016年，全國共檢查2875家社會代理機構，對其中2578家作出行政處理處罰。

　　2018年1月，財政部出臺《政府采購代理機構管理暫行辦法》，從名錄登記、從業管理、信用評價及監督檢查等方面對政府采購代理機構監督管理做了全面規定，以此加強監督管理，促進政府采購代理機構規范發展。該辦法自2018年3月1日施行。